El Metro de Lima también ha puesto en práctica protocolos sanitarios, como el distanciamiento social entre los asientos, pues solo se puede usar un asiento por fila, además que el aforo ese ha reducido a un 20%, es decir, de 1200 solo ingresarán 200 personas. Asimismo, quienes van parados deben mantener la distancia, por otro lado, solo se permite el ingreso al Metro de aquellos que utilizan tapabocas colocado correctamente.
El horario de este medio de transporte es de las 5:30 am a las 9pm de lunes a sábado, el día domingo hay un horario partido, que opera desde las 5:30am hasta el mediodía y se vuelve activar a las 4pm.